虫洞探索是第二银河中高风险高回报的核心玩法，玩家可通过星图切换至虫洞分布视图定位入口，根据颜色区分五种难度等级：平静、波动、异常、危险和凶险。进入前需确保指挥官等级达到15级，舰船配备充足能量恢复组件，推荐使用驱逐舰或巡洋舰以平衡战斗能力与损失风险。虫洞内部存在独特的扭曲效应机制，随时间推移会逐步削弱舰船能量回复效率，约20分钟后将完全停摆，因此高效规划探索路线至关重要。
虫洞结构分为维序区与暗区双层空间，维序区作为安全区域禁止PVP，而暗区允许自由战斗且奖励品质提升一级。从主宇宙进入后默认抵达维序区，可通过内部跳跃门选择继续深入或转入暗区。进入暗区会重置扭曲效应层级，相当于延长20分钟探索时间，但无法逆向返回维序区。任务类型主要包括战斗型、互动型和采矿型三类，其中战斗任务需优先解决携带毁电装置的敌舰，互动任务则需谨慎应对答题机制以避免护盾清零。
舰船配置应以能量管理为核心，标配能量恢复增效器、回盾装置及火力超载计算机，战列舰需组队行动。探索过程中需实时监控左侧状态栏的扭曲效率等级，当达到50%时建议转入暗区重新积累效率值。任务优先级方面，应优先获取带有加号标记的增益BUFF，其次是战斗任务直至图标消失。若效率未达50%可继续在维序区刷任务，但需注意同一虫洞内玩家舰型完全一致，组队时必须统一吨位。
暗区探索需警惕玩家伏击，观察左上角人数显示超过10人时应谨慎接近通道入口。特殊事件如圣殿学术号卫星可提供降低扭曲影响的BUFF或触发高价值货柜争夺，而遗弃前哨站的数学序列题需遵循2-4-12-48-240等固定规律作答。采矿任务需手动控制开采节奏，避免自动引怪导致同时应对过多敌人。无论选择何种探索策略，最终都需在扭曲效应叠至10层前通过出口离开，或利用回归信标强制撤离。
虫洞产出以舰船、武器和组件蓝图破译箱为主，附带信用点券或个人矿物等随机资源。奖励品质与虫洞难度正相关，但需注意14级虫洞仅掉落白绿箱子，而43级虫洞维序区必出紫箱并有概率获得金箱。探索过程中所有交互行为均存在时间成本与风险收益的权衡，例如加速轨道可能隐藏补给或敌人，神父事件三个选项对应不同奖励层级。最终效率取决于对舰船性能、任务机制和敌我态势的综合判断能力。
