占领城市后防止叛乱的核心在于管理忠诚度系统。新占领的城市初始忠诚值为50，会受到附近敌方城市压力、占领不满和宜居度三大因素影响，其中周边城市压力是主要威胁。最有效的方法是快速攻占目标城市周边的敌方城市，形成连片控制区，这样能大幅降低公民压力。闪电战战术尤为关键，建议在3回合内连续攻下相邻城市，使用骑兵部队配合大军移动力加成实现快速推进。
派遣总督是立竿见影的稳定手段，特别是选择增加忠诚度的军事总督或外交总督。总督就任后能提供显著忠诚加成，若条件允许应优先派驻。同时在城市内驻军也能提供额外忠诚度，配合相应政策卡效果更佳。纪念碑虽提供忠诚度较少但建造速度快，可作为应急措施。注意保持城市宜居度，通过交易获取奢侈品或开启娱乐区的面包与马戏项目来改善民生。
战术层面需注意攻城顺序，优先攻占人口密集的大城市和原始首都，这些城市产生的公民压力最大。在兵力部署上应采取攻而围之策略，先消灭敌方有生力量再形成控制区包围城市。控制区由近战单位建立，能阻止城市血量恢复并为最终占领创造条件。若遇到顽固抵抗，可先掠夺区域建筑削弱敌方，待多座城市血量见底后同一回合集中占领。
长期治理需综合运用多种忠诚度来源。建造特定奇观如自由女神像能提供全域忠诚保障，市政广场建筑也有稳定效果。宗教同化同样重要，确保城市主流宗教与本国一致，必要时派遣宗教单位洗刷异教影响。在极端情况下，可暂时接受城市变为自由城市，待清除叛军后重新占领，但这会消耗额外时间和兵力。
