劳拉于秘鲁丛林坠机后，除了主线任务，该区域还隐藏着被称为墓穴或古墓挑战的探险内容，它们是游戏乐趣的重要组成部分，通常需要更复杂的解谜技巧来应对，主要涉及审判凝视和冥界之门两座古墓。秘鲁丛林作为游戏首个大型探索区域，其古墓挑战与复杂地形构成了探索的核心。玩家在进行主线时，可能会在丛林遗迹附近发现古墓的入口。
针对审判凝视古墓，玩家进入后首先会看到一座高耸的神像，核心目标是将神像前的梯子完全升起。首先拉动左侧的滑车使上方重物升起，这会通过滑车原理令远处的小神像下降。随后将第一台滑车推至梯子左侧的连接点，并将第二台滑车移至第一台滑车原本的位置。接着攀爬至上层的平台，跳到最初升起的那块重物上，再次利用滑车原理拉起小佛像，从而让梯子初步抬起。当梯子抬起后，迅速将第一台滑车推过梯子下方，抵达对面的重物处，然后把梯子的右侧与第二座小佛像相连，最后从上方的平台跳下，利用自身重量降下重物，使梯子完全立起，之后爬上去即可完成挑战。
而冥界之门古墓的谜题则侧重环境互动与绳索箭矢的运用。进入后首先需用绳索箭矢拉开封门的木栏。其核心机制围绕气流与摆锤设计，首先推动入口右侧的机关引入强风，借助第一颗摆锤跳跃至左侧区域。在左侧区域推动机关调整气流方向，然后转至右侧有火堆的平台，用弓箭射击带有尖刺的第二颗摆锤，借助风力改变其摆荡轨迹以撞毁中央的障碍物。需要利用绳索箭矢将第三颗摆锤与已经损坏的第二颗摆锤连接起来，借助风力扯断第三颗摆锤，从而解除它对出风口的阻挡，推动第三个机关便可吹熄道路中央的火焰，打开通往古墓石碑的最后通路。
在探索秘鲁丛林古墓时，熟练使用生存直觉功能来高亮显示环境中的可互动对象与线索至关重要。灵活运用劳拉的工具也极为关键，无论是用绳索箭矢连接远处的绳桩以搭建通路，还是利用它拉动机关或扯下障碍，都是解开谜题的基础。留意丛林环境中分布的资源，例如用于制作的硬木与药物植物，并尽可能提升劳拉的技能以应对更复杂的挑战。
