水之迷宫位于五之岛区域，这是一个充满水道和洞穴的复杂地形，玩家需要使用冲浪技能才能进入迷宫内部探索。进入水之迷宫后，玩家首先会来到一个开阔的水域，这时应当遵循特定的行走规律来解开迷宫结构。初始阶段的正确走法是向右移动后向下前进，接着再向右转向上方，然后向下并再次向上移动。这些路径看似重复但实际暗藏规律，一旦走错就可能绕回起点，需要仔细观察周围的水流方向和岩石布局来判断正确出口。
穿过初始区域后，迷宫的复杂度明显增加，玩家需要按照右、上、下、下、右、左、下、右、上的方向继续深入，这个阶段会遇到更多使用水系和飞行系精灵的训练师。建议保持队伍中有电系或草系技能的精灵来应对突发战斗，同时留意岩壁上的缝隙和特殊标记。
玩家将遇到被火箭队困扰的秋穗小姐，击败守卫的两只猫老大后可以护送她返回安全地点。完成这个任务后需要重新回到该地点寻找隐藏的丝绸围巾道具。水之迷宫内部还隐藏着珍贵的波克比蛋，获取这个道具需要玩家队伍首位精灵的亲密度较高且背包存在空位。这个迷宫还连接着火箭队的秘密仓库，但进入仓库需要先获取特定密码。
离开水之迷宫的主要出口后，玩家会来到五之岛的内陆区域，这里可以继续前往其他岛屿探索。迷宫的行走过程会考验玩家对立体空间的记忆和方向判断能力。完成水之迷宫的挑战后，玩家将开启前往六之岛的航程，并且能够继续推进二周目的主线剧情发展。
