古墓谜题的核心机制多围绕物理互动展开，例如审判凝视古墓需利用滑车系统改变重物位置以升降平台。玩家需先拉动左侧滑车使上方重物上升，连带远处小神像下降，再通过推动台车连接神像与梯子。类似设计在太阳神庙古墓中更为复杂，需操作四面镜子反射阳光激活机关，步骤包括调整1号镜子左转反射至左侧柱子，攀爬至2号平台后二次调整光线路径。此类谜题要求玩家系统性观察环境，明确各机关间的联动关系。
战斗与潜行元素在部分古墓中亦有体现。例如猎鹰的试炼需在旋转建筑中保持平衡，避开运动构件的同时攀爬横梁。该试炼要求精准跳跃至中央梯子，并在绳索滑行阶段快速切换方向抵达目标平台。而呼啸洞穴古墓则结合了水下探索与限时逃脱，玩家需在洞穴崩塌前完成潜水换气与障碍物破坏。此类设计强化了古墓探索的紧张感，但需注意资源管理，尤其在更高难度下弹药与治疗物品稀缺。
支线古墓的奖励机制与角色成长深度绑定。完成古墓后可解锁特殊技能，如美洲豹女王的背心降低敌人警觉度，生存专家提升资源采集效率。部分古墓还藏有稀有武器配件或文献，补充游戏世界观设定。古墓进度与主线无强制关联，玩家可根据自身偏好选择解谜顺序，但建议优先完成提供关键能力的古墓以优化后续体验。
古墓内部壁画、碑文等细节常暗示玛雅与印加文明背景，例如隐秘之城帕依提提的建立与圣三一组织的历史纠葛。这些内容虽非强制收集，但能深化对劳拉冒险动机的理解。DLC新增古墓如老村庄红色真菌进一步扩展了解谜形式，需利用大炮破坏孢子障碍，其机关设计更侧重物理互动与时机把控。
