组织战的核心玩法围绕团队协作、策略布阵和限时活动展开，参与需满足组织等级与密令数量等条件，通过天地战场、要塞争夺等模式获取积分与奖励。组织战分为本服与跨服两种类型，通常每周固定时间开启，需由首领报名并统筹成员战力分配。
组织战的核心策略在于战力分配与阵容搭配。天地战场采用三方擂台制，每个组织需分派15人进入天之战场或地之战场，积分总和决定排名。建议采用田忌赛马策略，高战力成员搭配B级忍者迷惑对手，低战力成员集中攻击薄弱点。要塞争夺战则需集中火力攻击目标要塞，占领后可通过组织商店兑换S级忍者碎片等稀有道具。布阵阶段首领仅有5分钟调整时间，需提前规划高战成员分散带队，避免战力集中导致其他战场失守。
平民玩家推荐雷主菜刀队或水毒输出阵容，天赋31232配合通灵蛇可快速减员；高战玩家可选用风主核爆队，天赋33211搭配忍猫实现范围伤害。须佐、秽土初代等忍者凭借霸体或吸蓝特性在高端局表现突出，而迪达拉突破后凭借高养成伤害成为主流选择。战斗中需注意敌方奥义打断时机，例如雷主辅助阵容可携带拔刀天赋11333针对性克制。
组织福利与资源分配直接影响长期收益。获胜组织可获得要塞徽章、荣耀礼包等奖励，首领需按积分制公平分配。成员每日参与叛忍追击、组织祈福等活动能积累密令与忍者碎片，巅峰对决中为同组织助威还可额外获取三代目土影碎片。跨服战奖励优于本服战，但需根据组织总战力谨慎匹配对手，避免因战力虚高进入高难度分组。
开战后成员应严格听从指挥，避免擅自行动消耗挑战次数。防守方可利用地形优势拖延时间，例如高地落差可限制敌方远程攻击范围。若遭遇强敌，可保留部分战力用于最后10秒突袭换阵。叛忍来袭等辅助活动能提升组织整体战力，建议固定时间集结成员共同完成。
